舞台となるのは、TVシリーズ最終話のその後。
戦兎が生みだした「新世界」での物語。

桐生戦兎が創った新世界。
その中で人々は、仮面ライダーやスカイウォールに関する一切の記憶を失い、平和に暮らしていた。戦兎と相棒・万丈龍我は、前の世界で起こったことを記録する傍らで、戦兎の発明品を売って暮らしていた。

そんなある日、龍我は、仮面ライダークローズの記憶を持つ謎の女性・馬渕由衣と出会う。由衣は前の世界で、クローズに見捨てられ人体実験の被害者になったと龍我をなじる。

時を同じくして、白いパンドラパネルから“キルバス”と名乗る謎の地球外生命体が突如出現し、戦兎を襲った。エボルトの兄であり、ブラッド族のかつての王であるキルバスは、カリスマダンサーの柿崎悟志の姿に擬態。龍我と由衣も襲われ、応戦するもキルバスの圧倒的な力の前に危機に陥ってしまう。
が、その刹那、何者かが龍我を守った。その正体は  エボルト。

パンドラボックスを完全に復活させ、その力で全宇宙を滅ぼそうと企むキルバス。パンドラボックスの力で記憶を取り戻したかつでの仲間たちが、龍我のもとに集う。龍我はエボルトと奇妙なバディを結成し、キルバスの脅威に挑むが…!? 果たして龍我は宇宙を、そして由衣を救うことができるのか? そして、エボルトの真の目的とは…?